自一切惑相始终上说，分为现行种子习气三种：
一、现行 阿赖耶识，有生一切之法之功能，谓之种子。自此种子，生色心之法，谓之现行。复指所生之法，而谓之现行，亦谓之现行法，谓从阿赖耶识种子，显现行动之一切法也。
二、种子 对于现行法之称。指在阿赖耶识中，生一切有漏无漏有为法之功能，而谓之种子，犹如草木之种子也。是为有为法之正因，四缘中因缘之实体也。唯识论曰：何法名为种子？谓本识中亲生因果功能差别。唯识论述记曰：种子即是诸法因缘，皆因相也。
然种子说有二种：
一、本有种子 第八识处，为无始法尔有生一切有漏无漏有为法之功能，是为本有种子。
二、新薰种子 种子由现行之前七识，随所应而色心万差之种种习气，皆悉落在第八识中，更成生果之功能，谓之新薰种子，亦曰始起种子。
唯识论曰：种子各有二类：一者本有，谓无始来，异熟识中，法尔而有生蕴界处功能差别，（中略）此即名为本性住种。二者始起，谓无始来，数数现行薰习而有，（中略）此即名为习所成种。
三、习气 烦恼之余气曰习气，又云习。既伏惑之现行，且断惑之种子，尚有惑之气分而现惑相，是名习气。述记曰：言习气者，是现行气分薰习所成，故名习气。此习气三乘之中，声闻全不断之，缘觉稍断之，佛则全断之也。