三密者，身语意三密也。
一、身密 如手结印契是也。
二、语密 如密诵真言是也。
三、意密 如住瑜伽相应，白净月满，观菩提心是也。
凡夫与大日如来，共以六大为体，四曼为相，本无差别。良由凡夫迷之，如来悟之，致有差别耳。如行持三密，一如大日如来。则大日如来之光，映于持者之心水。持者之心水，亦受持大日如来之光。是谓行者三密三应，而受如来三密加持矣。
今分为如来自证之三密，与众生修行之三密而辨之。如来三密者，身语意之三业，本来平等，身等于语，语等于意，皆遍法界，谓为法佛平等之三密。然则一切之形色为身密，一切之音声为语密，一切之理为意密也。而谓之为密者，非秘隐于人之谓，乃以此等之义，为法佛自证之境，无凡人之分，故谓之密。又吾等于一切平等，虽本来具之，然以惑染隐秘之故，谓之密也。显教虽于密迹力士经说佛之三密，不可思议，然未显一一之三业所作，尽法性之至理。又凡夫为印言观想，即与如来之三密，同备无尽之德用。又依三密之加持力，自他同有灭罪障禳灾疫除病患等无量之不思议，均未说也。密教则颇能说其真实之相。
修行三密吾等既具法佛之三密，然为惑染而不能证得之故，以佛之大悲心，使众生行生佛平等之三密。身结印契为身密，口诵真言为语密，意观其种子，或观其三昧耶形，成观其本尊，是为意密。行此三密，则为如来之三密所加持。众生之三业，与如来之三密，入我我入，无二无别，谓之三密相应，依三密相应，成就一切之悉地也。菩提心论曰：凡修习瑜伽观行人，当须具修三密行，证悟五相成身义也。大日经疏曰：入真言门，略有三事：一者身密门，二者语密门，三者心密门。行者以此三方便，自净三业，即为如来三密之所加持。乃至能于此身，满足地波罗密，不复经历劫数，备修诸对治行。又然毗卢遮那内证之德，以加持故，从一一智印，各现执金刚神形色性类，皆有表象，各随本缘性欲，引摄众生。若诸行人，殷勤修习，能令三业，同于本尊，从此一门，得入法界。然是为对劣机之方便，非为至极，以无相之三密为至极也。大日经供养法曰：甚深无相法，劣慧所不堪，为应彼等故，兼说有相法。要略念诵经曰：相无相甚深，少智不能入，依无相说相，摄彼二种人。
三密瑜伽 总名真言之行法也，以真言之行法，欲得三密之瑜伽故也。瑜伽者相应之义，身结印口唱咒意观理，此三事相应。又众生之三业，与佛之三密，入我我入，彼此平等，谓之瑜伽。依此瑜伽，成就所求之事。众生身语意之三密，与法身佛之三密，相应融和而无隔历，父母所生之肉身，即为佛身也。